新型冠状病毒肺炎多种生物样本核酸检测的检出率分析

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176中国处方药  第19卷  第5期·临床研究·
新型冠状病毒肺炎(COVID-19)简称新冠肺炎,研究证实该病是由严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)引起的一种急性传染病[1]。病原体中间宿主尚未清楚,人普遍易感,感染者多有发热、干咳、肺部毛玻璃样改变,不及时病重率高,对全人类的生命健康构成了巨大的威胁。RT-PCR检测各类样本的 SARS-CoV-2 RNA,其应用简便,在COVID-19的诊断和治愈评估中具有重要意义。本研究17例新冠肺炎确诊患者的各类生物样本RT-PCR检测情况分析如下。
1 对象与方法
1.1研究对象确山县人民政府网
选取茂名市人民医院2020年1月28日~2020年11月28日收治的17例确诊为新型冠状病毒肺炎患者为研究对象,新冠肺炎诊断标准、方案、疾病分析、出院标准、病毒核酸阴转的标准均按照《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第六版)》执行[2]。根据CT检查肺部病灶情况分为发病期和恢复期两组;根据临床症状将新冠肺炎患者分为呼吸道普通型、呼吸道重型及呼吸道合并消化道型。所有纳入病例的个人信息均作匿名化处理。所有纳入本研究的病例均被告知所采集的生物样本仅用于科学研究和疫情防控,个人生物遗传学信息不会泄露。本研究通过医院伦理委员会伦理审查(批件号:PJKY2020MI-039-01)。
1.2方法
1.2.1 生物样本采集和运送
通过专业培训的护士在三级防护条件下,在隔离病房每日进行采集新型冠状病毒肺炎患者的咽拭子、鼻拭子、鼻咽拭子、尿液和肛拭子样本,直至患者康复出院。所有生物样本均严格按标准流程装有特殊标识“XG”箱转运至本院发热门诊新冠实验室进行预处理,将生物样本灭活并将患者相关样本信息登记录入LIS系统再将生物样本转送检验科PCR室进行核酸检测。
1.2.2 试剂和仪器
病毒RNA提取试剂盒、荧光定量 RT-PCR 试剂均为上海之江生物科技有限公司提供。采用上海之江生物科技有限公司的EX3600核酸自动提取仪进行病毒RNA提取,采用上海宏石医疗科技有限公司的SLAN-96P PCR 仪进行实时荧光定量 PCR 扩增。
1.3统计学方法
采用Excel及SPSS统计软件进行数据处理,计数资料采用χ2检验,以P<0.05 为差异有统计学意义。
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2 结果
2.1 新冠肺炎确诊病例基本情况
17例新冠肺炎确诊病例中,男14例,女3例,根据临床症状分型,呼吸道轻型患者12例,呼吸道重型患者4例,呼吸道合并消化道重型患者1例。呼吸道轻型患者临床症状以发热为主,重型病例呼吸道症状明显,其中1例重型病例呼吸道合并消化道症状明显。年龄16~60岁,平均(35.82±13.54)岁。轻型平均住院天数为(14.25±4.25)d,重型平均住院天数为(27.40±5.50)d。
2.2 新冠肺炎确诊患者不同生物样本多次核酸检测检出率
17例新冠肺炎确诊患者分别多次采集咽拭子、鼻拭子、鼻咽拭子、尿液、肛拭子送检,通过RT-PCR进行核酸检测,其中咽拭子、鼻拭子、鼻咽拭子均能在多次送检中检出所有病例,尿液未能检出确诊病例,肛拭子多次送检能检出3例确诊病例,各生物样本多次送检的检出率见表1。
表1:新冠肺炎患者不同样本多次核酸检测的检出率(n=17)
样本类型平均送检次数检出数[例(%)]
咽拭子15.4117(100.00)
鼻拭子14.1217(100.00)
鼻咽拭子13.2917(100.00)
尿液11.060(0.00)
肛拭子14.763(17.65)
2.3 不同类型新冠肺炎患者各类生物样本核酸检测阳性率
17例新冠肺炎患者中,12例为呼吸道普通型,4例为呼吸道重型,1例为呼吸道合并消化道重型。
普通型患者咽拭子阳性率为50.00%,鼻拭子阳性率为40.80%,鼻咽拭子阳性率为52.31%,肛拭子阳性率为0.75%;重型患者咽拭子阳性率为68.60%,鼻拭子阳性率为50.62%,鼻咽拭子阳性率为66.22%,肛拭子阳性率为1.22%;重型合并消化道症状患者咽拭子阳性率为80.00%,鼻拭子阳性率为58.82%,鼻咽拭子阳性率为77.27%,肛拭子阳性率为94.44%。
新型冠状病毒肺炎多种生物样本核酸检测的检出率分析
罗胜和,陈美霞,刘传勇,杨艳芳,莫凤秋,杨智娟,陈秋红
(茂名市人民医院,广东茂名 525000)
【摘要】目的 探讨新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多种生物样本的核酸检测检出率,为临床提供高检出率的生物样本选择,减少假阴性的发生。方法 选取茂名市人民医院2020年1月28日~2020年11月28日收治的17例确诊为新型冠状病毒肺炎患者为研究对象,每日采集3~4种不同生物样本送检,应用实时荧光逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测技术进行SARS-CoV-2核酸检测,对各类生物样本在不同类型患者不同病程阶段的核酸检测情况进行统计学分析。结果 17例确诊患者各类生物样本多次核酸检测,咽拭子、鼻拭子及鼻咽拭子均检出17例,检出率100%,尿液未检出阳性病例,肛拭子检出3例,检出率为17.65%。17例确诊患者中,根据临床症状分类,普通型12例,重型4例,重型合并消化道症状1例。普通型患者咽拭子阳性率为50.00%,鼻拭子阳性率为40.80%,鼻咽拭子阳性率为52.31%,肛拭子阳性率为0.75%;重型患者咽拭子阳性率为68.60%,鼻拭子阳性率为50.62%,鼻咽拭子阳性率为66.22%,肛拭子阳性率为1.22%;重型合并消化道症状患者咽拭子阳性率为80.00%,鼻拭子阳性率为58.82%,鼻咽拭子阳性率为77.27%,肛拭子阳性率为94.44%。根据病程不同阶段核酸检测结果,发病期咽拭子阳性率为84.24%,鼻拭子阳性率为63.03%,鼻咽拭子阳性率为83.33%,肛拭子阳性率为18.52%;恢复期咽拭子阳性率为17.53%,鼻拭子阳性率为10.67%,鼻咽拭子阳性率为17.07%,肛拭子阳性率为6.74%。结论 通过多次核酸检测咽拭子、鼻拭子和鼻咽拭子均能100%检出确诊病例,尿液未能检出阳性病例,不能作为取材选择,呼吸道症状确诊患者肛拭子检出率低,容易漏诊,但合并消化道症状确诊患者肛拭子阳性率高,疑似患者合并消化道症状时应同时采集肛拭子及呼吸道标本送检提高检出率。确诊患者咽拭子及鼻咽拭子核酸检测阳性率明显高于鼻拭子,建议采
集咽拭子及鼻咽拭子作为常规送检样本。确诊患者各类生物样本发病期核酸检测阳性率明显高于恢复期,提示检出率与病毒载量相关,对疑似患者潜伏期和确诊患者恢复期应采集多部位多次送检,减少漏诊率。
【关键词】新型冠状病毒肺炎;生物样本;RT-PCR;核酸检测;检出率
177 Journal of China Prescription Drug  Vol.19 No.5·临床研究·
咽拭子与鼻拭子阳性检出率相比,差异具有统计学意义
(χ2=8.416,P<0.05);咽拭子与鼻咽拭子阳性检出率相比,
差异无统计学意义(χ2=0.003,P>0.05);普通型与重型(咽
拭子、鼻拭子及鼻咽拭子总和)阳性检出率相比,差异具有统
计学意义(χ2=19.448,P<0.05);呼吸道型与呼吸道合并
消化道型肛拭子阳性检出率相比,差异具有统计学意义(χ2=
219.497,P<0.05)。不同类型新冠肺炎患者各类生物样本核
酸检测阳性率见表2。
2.4 新冠肺炎患者发病期与恢复期各类生物样本核酸检测
阳性率
新冠肺炎患者发病期送检生物样本数咽拭子165份,阳性率
84.24%。鼻拭子阳性率为63.03%,鼻咽拭子阳性率为83.33%,禄劝轿子雪山风景区
肛拭子阳性率为18.52%。恢复期送检生物样本数咽拭子97份,
阳性率17.53%。鼻拭子阳性率为10.67%,鼻咽拭子阳性率为
17.07%,肛拭子阳性率为6.74%。新冠肺炎患者发病期与恢复期
的生物样本(咽拭子、鼻拭子、鼻咽拭子和肛拭子总和)阳性检出
率相比,差异有统计学意义(χ2=213.52,P<0.05)。新冠肺炎
患者发病期与恢复期各类生物样本核酸检测阳性率见表3。
表3:新冠肺炎患者发病期与恢复期各类生物样本核酸检测阳性率[次
(%)]
样本类型
发病期恢复期
样本数阳性数样本数阳性数
咽拭子165139(84.24)9717(17.53)鼻拭子165104(63.03)758(10.67)鼻咽拭子144120(83.33)8214(17.07)肛拭子16230(18.52)896(6.74)
3 讨论
2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)属于冠状病毒科β属,其基因特征与严重急性呼吸综合征(SARS)相关的冠状病毒和中东呼吸综合征相关冠状病毒有明显区别。目前研究显示 SARS-CoV-2 与蝙蝠 SARS 样冠状病毒(bat-SL-CoVZC45)同源性达85%以上[3-4]。新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第5版)[5]规定,临床诊断病例或疑似病例具备呼吸道标本或血液标本实时荧光 RT-PCR 检测新型冠状病毒核酸阳性或病毒测序且与已知的新型冠状病毒高度同源两种病原学诊断证据之一者,即为确诊病例。
病原学检测在新型冠状病毒肺炎诊断中是金标准。实时荧光 RT-PCR方法进行病毒核酸检测是将标本中的特定核酸序列进行扩增,理论上每一次扩增后的核酸数量都是成倍增加,经过 40 次以上扩增后,其核酸数量可达到足够通过荧光等常规方法进行检测。有学者认为不同病程、不同病情患者的机体中病毒存在量可能不同,导致已有病毒感染,但由于在相关部位采集不到病毒或采集到的病毒量太少,以至于用现有方法检测不到[6]。有报道显示[7],呼吸道样本以鼻咽拭子及咽拭子为主,而拭子样本采用目前的RT-PCR 试剂盒,据估计只有 30%~50% 的阳性检出率,大量的假阴性结果无法避免,必须进行多次取样检测或结合其他类型样本检查结果进行确诊。
本研究以更容易获取的上呼吸道样本为主,有学者认为痰标本的病毒含量高于咽拭子标本,痰标本的检测效果优于咽拭子[8],分析可能与SARS-CoV-2主要侵袭感染下呼吸道和肺部有关。我国学者Xu等[9]报道病例解剖发现:新冠肺炎主要引起深部气道和肺泡损伤为特征的炎症反应。病毒主要破坏下呼吸道,因此下呼吸道样本需经支气管镜检查才能获得,临床应用受部分限制。鼻/咽拭子样本容易获得,因取样部位及操作过程,容易造成假阴性[10]。由于大多数新冠肺炎患者以干咳为主,咳痰困难,痰液难以获取,痰液黏性大,处理程序相对复杂,增加感染风险。新冠肺炎病毒传染性强,采下呼吸道肺泡灌洗液风险极高,创伤性采样患者难以接受,未能常规开展。韶关旅游景点有哪些
本研究发现所有新冠肺炎患者的尿液样本核酸检测均未能检出阳性。新冠肺炎重型患者核酸检阳性测检出率比普通型患者高,在发病期核酸检测阳性检出率远高于恢复期,可能与新冠肺炎患者病毒载量
相关,随着病程的演变,潜伏期病毒载量低,检测假阴性高,多数病例需要多次检测才能检出阳性,当病毒载量达到一定值时,实时荧光RT-PCR才能检出阳性病例,在发病期病毒载量比较大,阳性检出率高,而在恢复期病毒载量又逐渐减低,阳性检出率随之降低。新冠肺炎患者的咽拭子与鼻咽拭子的阳性检出率相差不大,而两者的阳性检出率比鼻拭子高,可能鼻腔的病毒载量低于咽喉部。影响检出率的影响因素除了病例本身病毒载量外,取材技术、取材时机和取材部位都很重要,采样护士需经严格培训再上岗,做好检验前质量控制,患者晨起洗漱前呼吸道内病毒载量可能相对较高,优先在晨起后取材,本研究发现合并消化道症状的新冠肺炎患者肛拭子阳性检出率达到94.4%,而单纯呼吸道症状的新冠肺炎患者肛拭子阳性检出率仅有0.93%,故未合并消化道症状的疑似新冠肺炎患者采样以上呼吸道样本为主,合并消化道症状患者优先选择肛拭子送检。重型新冠肺炎患者病程明显比普通型的长,病毒载量也更多,阳性检出率更高,对于普通型患者或者无症状感染者病毒载量低,假阴性高,需多次采集不同部位送检,提高检出率。
烟台养马岛天气本研究收集的确诊病例过少,数据方面可能有缺陷,特别是呼吸道合并消化道症状患者仅有1例,往后需要更多的病例支持本研究结论。新冠肺炎患者的各类生物样本阳性检出率不尽相同,有研究认为[11]病毒感染一般发源于上呼吸道,由鼻咽部发展到咽部最终侵袭感染下呼吸道。疑似新冠肺炎患者潜伏期或发病早期病毒侵袭上呼吸道,此时上呼吸道样本的病毒载量可能高于下呼吸道,建议采集上呼吸道样本送检,以鼻咽拭子和咽拭子为主,当病毒侵袭下呼吸道后,上呼吸道病毒载量达峰值后逐
渐降低,病毒存在以下呼吸道为主,当新冠肺炎患者经过和机体免疫后,病毒载量逐渐减低,此时上呼吸道样本阳性检出率明显下降,为减低假阴性,康复期出院诊断有条件建议采集下呼吸道样本送检,以肺泡灌洗液为主。
参考文献
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表2:不同类型新冠肺炎患者各类生物样本核酸检测阳性率[次(%)]
患者类型
咽拭子鼻拭子鼻咽拭子肛拭子
样本数阳性数样本数阳性数样本数阳性数样本数阳性数
呼吸道普通型14673(50.00)12551(40.80)13068(52.31)1331(0.75)呼吸道重型8659(68.60)8141(50.62)7449(66.22)821(1.22)呼吸道合并消化道型3024(80.00)3420(58.82)2217(77.27)3634(94.44)
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慢性阻塞性肺疾病(COPD)是一种以气流阻塞为特征的慢性支气管炎或肺气肿[1],该病发展为肺心青岩古镇一日游攻略
病或的可能性很大,致死和致残率较高,数据显示全球40岁以上人该病患病率已达9%~10%,且随着近些年环境污染的加剧,其患病率仍呈现逐年递增趋势[2]。维生素D属于脂溶性维生素,不仅会对个体的钙磷代谢产生影响,而且会广泛参与机体的多项生理进程,是维持个体健康、细胞生长和发育必不可少的物质[3]。近些年已有的研究指出,维生素D在调节机体骨密度、改善个体肺功能、维持骨骼肌功能等方面发挥着重要作用[4]。一项针对3 030例患者开展的调研发现,维生素D的缺乏会导致个体出现免疫力下降、肺功能降低,同时增加呼吸道感染的风险[5]。CXCL13属于趋化因子家族的一员,趋化因子具有诱导附近反应细胞定向趋化的能力,是机体免疫反应中重要的参与因子[6]。CXCL13目前已被证实同恶性肿瘤、支气管哮喘、间质性肺疾病密切相关,但目前关于CXCL13与COPD之间关联的研究较少[7]。本研究的目的在于通过分析COPD患者血清维生素D、CXCL13水平与其肺功能的相关性,探究血清维生素D、CXCL13在评估COPD患者肺功能中的可行性,以期为改善
血清维生素D、CXCL13水平与COPD患者肺功能的相关性分析
王庆霞1,杨桂虹2
(1天津市宁河区妇女儿童保健和计划生育服务中心内科,天津 301500;
2天津市宁河区医院呼吸内科,天津 301500)
【摘要】目的 探究慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者血清维生素D、趋化因子配体13(CXCL13)水平与其肺功能的相关性。方法 将2018年1月~2020年1月接受的60例COPD患者设为研究组,另选取同期接受体格检查的50例受试者为对照组,对比两组受试者血清维生素D、CXCL13水平,以及第1秒用力呼气容积占预计值百分比(FEV1/预计值)、第1秒用力呼气容积占比用力肺活量的百分比(FEV1/FVC)差异,并分别计算血清维生素D、CXCL13同FEV1/预计值、FEV1/FVC相关性。结果 研究组患者CXCL13水平明显高于对照组,血清维生素D、FEV1/预计值以及FEV1/FVC均明显低于对照组(P<0.05);COPD患者血清维生素D、FEV1/预计值以及FEV1/FVC明显高于AECOPD患者,CXCL13明显低于AECOPD患者(P<0.05);Spearman相关性分析显示,血清维生素D同FEV1/预计值、FEV1/FVC均呈正相关(P<0.05),CXCL13同FEV1/预计值、FEV1/FVC均呈负相关(P<0.05)。结论 COPD患者血清维生素D水平明显降低、CXCL13水平升高,其水平同COPD患者肺功能明显相关,可考虑将血清维生素D、CXCL13作为COPD患者肺功能评估指标应用于临床。
【关键词】COPD;血清维生素D;CXCL13;肺功能;相关性
The correlation between serum vitamin D, chemokine ligand 13 and lung function in patients with chronic obstructive pulmonary disease WANG Qing-xia*, YANG Gui-hong. *Internal Medicine, Women and Children's Health Care and Family Planning Service Center of Ninghe District, Tianjin 301500, China.
【Abstract】Objective To explore the correlation between serum vitamin D, chemokine ligand 13(CXCL13) and lung function in patients with chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Methods 60 patients with COPD who were treated in our hospital from January 2018 to January 2020 were selected as the study group, and 50 individuals who received physical examination in our hospital at the same time were selected as the control group. The serum vitamin D and CXCL13 levels of the two groups were compared, as well as the difference between the first-second forced expiratory volume (FEV1/predicted value)and the first-second forced expiratory volume (FEV1/FVC). Results Compared with the control group, CXCL13 in the study group was significantly higher,while serum vitamin D, FEV1/ predicted value and FEV1/FVC were significantly lower (P< 0.05). The comparison showed that serum vitamin d, FEV1/ predicted value and FEV1/FVC of COPD patients were significantly higher than those of AECOPD patients, while CXCL13 was significantly lower than that of AECOPD patients (P< 0.05). Spearman correlation analysis showed that serum vitamin D was positively correlated with FEV1/ predicted value and FEV1/ FVC (P<0.05), while CXCL13 was negatively correlated with FEV1/ predicted value and FEV1/FVC (P< 0.05). Conclusion The serum vitamin d level will obviously decrease and CXCL13 level will increase in COPD patients. The above factors are obviously related to the pulmonary function of COPD patients. It is considered that serum vitamin d and CXCL13 can be used as indicators for evaluating pulmonary function of COPD patients in clinic.
【Key words】 COPD; Serum vitamin D; CXCL13;Lung function; Correlation

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