（一）管理体制不完善，缺乏规划及政策扶持
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目前，三沙旅游开放的主要有西沙岛中的鸭公岛和全富岛。三沙市政府所在的永兴岛是西沙岛中面积最大的岛屿，岛上建有邮局、银行、办公楼、商店、气象台、发电站、医院、机场、码头、环岛公路等基础设施。南沙岛、中沙岛大多为无人居住岛，接待条件不成熟，部分岛礁被菲律宾、马来西亚、越南等国不同程度非法占领。三沙海洋旅游的开发环境存在一定程度的复杂性。由于三沙海洋旅游开发牵涉到众多部门共同管理，职责不明晰造成的职能交叉、监管空白也就在所难免了。三沙海洋旅游面临最大的问题还是缺乏统一的规划指导，相应的产业扶持政策缺失，使得很多企业望而却步。（二）社会经济薄弱，基础及配套设施不完善
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三沙远离大陆，由于其特殊的地理位置及政治意义，军事管理在很长时间占据首要地位，现有的海洋渔业及农作物种植业的创收少，相关配套设施不完善。目前，永兴岛已有的军用机场暂时不对游客开放，游客乘船上岛需要提前申请上岛证，岛上没有足够的接待设施，游客乘坐邮轮抵达码头，需分次乘坐快艇上岛，住宿需要再次回到邮轮上，价格也在五千元至九千元不等。滞后的生产生活服务设施，给三沙海洋旅游的开发带来了很多障碍。
（三）产品结构单一，文化内涵挖掘力度不够
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三沙海洋旅游需要循序渐进的开发。在目前的旅游市场上三沙旅游产品种类单一，除了已开放的西沙游轮旅游之外，便是岛上的少部分“渔家乐”旅游体验了，三沙海洋文化没得到很好的开发，游客还仅仅停留在走马看花的观光阶段。参照世界知名海岛度假胜地的旅游产品形态，三沙独有的海洋资源没有得到很好的开发利用，从长远的旅游发展来说，三沙海洋旅游要走得更远，需要不断挖掘海洋文化内涵，设计出多元化、专业化的旅游产品，通过提高游客体验来满足客人不断变化的旅游需求。
（四）旅游安全难以保障，海洋生态环境脆弱
扬州世界园艺博览会三沙海洋旅游安全问题一直悬而未决，其隐患主要集中在以下几方面：首先，三沙自然环境特殊，气候不稳定，突发自然灾害时有发生，如台风、海啸、气旋等，增加了旅游的安全隐患；其次，三沙基础设施不完善，缺乏专业服务人员对接，一些常规的游泳、潜水、
快艇项目开展范围有限，未知海域的安全问题也是制约相关水上体验项目开展的主要因素；再次，特饮食作为游客出行主要动机之一，已经越来越为大众所关注，三沙海鲜食品安全问题暂时未能得到有效保障，游客食用海鲜过敏、皮肤红肿、引发肠胃炎，甚至轻微中毒的情况暂时未能得到有效处理；最后，南海争端从未停歇，多国政府无视中国警告，放任本国渔民在南沙岛附近海域非法捕鱼，不时发生的岛礁争端，也会影响游客的人身安全，加上非法营运的租借渔船西沙海钓活动，破坏了脆弱的三沙海洋生态环境，使得三沙海洋旅游发展进程再次遭遇瓶颈。
